Mokykloje didesnis dėmesys skiriamas matematikai ir gamtos mokslams, sustiprintas anglų kalbos mokymas. Pagal mokinių poreikį sudaromos visos sąlygos pagilintais kursais mokytis ir kitų dalykų. Kuo vyresnė klasė, tuo daugiau galimybių mokytis pagal pagilintas mokymo programas turi mokinys.

„Pagilintas dalykų mokymas prasideda dar šeštoje klasėje. Atskirų dalykų mokymuisi formuojamos panašius pasiekimus ir interesų kryptį turinčios mobiliosios mokinių grupės. Mokiniai į klases suburiami atsižvelgiant į pasiekimus ir jų intelektualinę, socialinę bei psichologinę brandą“, – teigė R.Kontautienė.

Kadangi mokykloje taikoma mokymo sistema yra grindžiama individualiu požiūriu į vaiką, čia vienodai gerai jaučiasi ir itin gabūs vaikai, ir tie, kuriems mokytis sekasi sunkiau. Individualus darbas bei darbas nedidelėse grupėse sukuria optimalias sąlygas tobulėti.

Licėjus – geriausiųjų trejetuke

Pasak mokyklos direktorės, esminė mokymo organizavimo licėjuje nuostata, kad visą pagalbą mokinys gautų licėjuje: pasibaigus užsiėmimams mokykloje mokiniams neprireiktų korepetitorių paslaugų.

To pasiekti padeda mokykloje dirbantys profesionalūs pedagogai, savo iniciatyva, profesionalumu ir pedagoginiu meistriškumu žinomi miesto visuomenei.

Mokyklos bendruomenę džiugina faktas, kad pagal praėjusių metų laimėjimus šalies olimpiadose Klaipėdos licėjus patenka į geriausiųjų mokyklų trejetuką šalyje kartu su Vilniaus licėjumi ir KTU gimnazija.

Šiuo metu Klaipėdos licėjus – didžiausia ne valstybinė mokykla Lietuvoje. Nors mokslas mokykloje mokamas, aukštus pasiekimus turintys gimnazinės pakopos mokiniai ugdomi nemokamai.

Tarptautiniai pasiekimai

Jonas Viršilas – tarptautinės jaunimo gamtos mokslų olimpiados Indijoje sidabro medalio laimėtojas (mokytoja ekspertė Rima Grabauskienė, mokytojas metodininkas Antanas Kontautas, mokytojas metodininkas Marius Žadvydas).
Dovydas Drakšas – tarptautinės chemijos olimpiados Maskvoje sidabro medalio laimėtojas (mokytoja ekspertė Rima Grabauskienė)

Respublikiniai pasiekimai

Jonas Viršilas – Lietuvos gamtos mokslų olimpiados 2013 m. absoliutus laimėtojas.
Adomas Danilevičius – respublikinių jaunųjų matematikų varžybų nugalėtojas.
Neda Narmontaitė – nacionalinės matematikos olimpiados II vietos laimėtoja (mokytoja metodininkė Elena Burbienė).
Klaipėdos licėjaus komanda – geografų konkurso „Euroscola“ nugalėtoja (mokytoja metodininkė Danguolė Benetienė).

Laimėjimai mieste

Respublikinės chemijos olimpiados Klaipėdos miesto etapas
I vieta – Nikita Pajanok, 10 kl.
I vieta – Dovydas Drakšas, 11 kl.
II vieta – Adomas Danilevičius, 11 kl.
III vieta – Gediminas Usevičius, 11 kl.
I vieta – Jonas Viršilas, 10 kl.
II vieta – Petras Nasvytis, 10 kl.
III vieta – Žygimantas Dainius, 10 kl.
I vieta – Justas Mikutavičius, 9 kl.
III vieta – Martynas Morozas, 9 kl.
Mokinius paruošė chemijos mokytoja ekspertė Rima Grabauskienė.

Respublikinės biologijos olimpiados Klaipėdos miesto etapas
I vieta – Ugnė Baronaitė, 11 kl.
II vieta – Adomas Danilevičius, 11 kl.
III vieta – Dovydas Drakšas, 11 kl.
Mokinius ruošė biologijos mokytoja metodininkė Ingrida Rimkienė.
I vieta – Jonas Viršilas, 10 kl.
II vieta – Nikita Pajanok, 10 kl.
Mokinius ruošė biologijos mokytojas metodininkas Antanas Kontautas.

Respublikinės matematikos olimpiados Klaipėdos miesto etapas
I vieta – Gediminas Usevičius, 11 kl.
II vieta – Dovydas Drakšas, 11 kl.
I vieta – Jonas Viršilas, 10 kl.
III vieta – Matas Liatukas, 9 kl.
Mokinius ruošė matematikos mokytoja ekspertė Rasa Karapetian.

Lietuvos fizikos olimpiados Klaipėdos miesto etapas
I vieta – Gediminas Usevičius, 11 kl.
I vieta – Dovydas Drakšas, 11kl.
II vieta – Jonas Viršilas, 10 kl.
II vieta – Justas Mikutavičius, 9 kl.
Mokinius ruošė fizikos mokytojas metodininkas Marius Žadvydas.

Lietuvos anglų kalbos olimpiada
I vieta –  Donatas Markas Bartkus, 11 kl. (ruošė mokytoja metodininkė Lina Lorenzo Ruiz).
Lietuvos mokinių lietuvių kalbos ir literatūros olimpiada
II vieta – Lukas Gylys, 10 kl. (ruošė mokytoja metodininkė Inga Kačinskaitė).
Lietuvos mokinių istorijos olimpiados Klaipėdos miesto etapas
II vieta – Simonas Sutkus, 11 kl. (ruošė mokytojas metodininkas Vaidas Pamparas).